Vista das porcas que fixam o
hélice ao cubo.

A partir de mergulhos no naufrágio e pesquisas realizadas por Maurício de Carvalho, surge o primeiro indício de que o naufrágio não poderia ter ocorrido neste ano, uma vez que foi verificado que tratava-se de um vapor com as pás do hélice atarrachadas, tecnologia que só começou a ser utilizada em torno do ano de 1890, inviabilizando portanto a hipótese de que um vapor naufragado em 1860 a tivesse. O próximo passo seria então levantar a biografia daquele em cuja homenagem foi nomeado o navio, o Dr. Bezerra de Menezes, personalidade do cenário político brasileiro do século XIX, médico conhecido por ajudar os menos favorecidos e o maior líder espírita brasileiro, chegando até mesmo a ser citado como o "Alan Kardec brasileiro".

Utilizando a informação da data em que os hélices de pás atarrachadas começaram a ser utilizados, e cruzando com as informações com a biografia daquele que emprestou seu nome ao vapor, foi iniciada uma pesquisa de rastreamento do navio em jornais de época a partir do ano de 1890. Foram localizadas então neste ano entradas e saídas do vapor Bezerra de Menezes no porto do Rio de Janeiro, fazendo sempre a mesma rota, entre Rio de Janeiro, Imbetiba, Macaé e Campos. Descobriu-se também que o vapor pertencia à Cia Estrada de Ferro Macaé e Campos, que durante um período na década de 1870 foi fundada e dirigida pelo Dr. Bezerra de Menezes, reforçando que realmente tratava-se do vapor em questão.

Após rastreamento dos movimentos diários de entrada e saída do porto do Rio de Janeiro durante todo ano de 1890 e início de 1891, foi verificado que o Bezerra de Menezes entrava e saia regularmente em intervalos de aproximadamente 7 dias na rota já mencionada entre o Rio de Janeiro, Campos, Macaé e Imbetiba. Comandado por André Antonio da Fonseca, o Bezerra de Menezes era um vapor misto, de carga e passageiros.

Em final de janeiro de 1891, o Bezerra de Menezes foi afretado pela Cia Terrestre e Marítima Rio de Janeiro para uma viagem a Paraty, com escala em Angra dos Reis, e esta seria sua última viagem. Partiu do porto do Rio de Janeiro em 30/01/1891 com destino a Angra e Paraty, com 24 tripulantes à bordo, em torno de 40 passageiros e cargas diversas. No retorno, após deixar o porto de Angra dos Reis dia 02/02/1891com 37 passageiros, os 24 tripulantes e cargas diversas à bordo, às 23 hrs, o Bezerra de Menezes se chocou fortemente com o a laje Colombo, hoje conhecida como laje alagada. A causa do acidente é atribuída à imperícia do comandante, uma vez que apesar de ser sua primeira viagem nesta rota, a laje em questão era bem conhecida e estava visível no momento do acidente.

Com o choque foi aberto um rombo na proa e o Bezerra de Menezes submergiu rapidamente. De acordo com telegrama recebido do diretor do lazareto da Ilha Grande, socorreu os náufragos no local o vapor Daunfleu, que salvou os 37 passageiros e 24 tripulantes, além de boa parte da carga, levando-os a Sepetiba, de onde a canhoneira Liberdade, da marinha brasileira os trouxe de volta ao Rio de Janeiro. Não houve vítimas.