Em maio de 1943 sofreu danos durante um ataque aéreo por fora Wewak (Papua Nova Guiné) mas foi reparado e voltou a prestar serviço.
O San Francisco Maru chegou a Chuuk em 5 de fevereiro de 1944 e permaneceu ancorado a sudeste da ilha de Dublon mesmo quando seu comboio partiu em 12 de fevereiro.

O Ataque

No dia 17 estava ancorado na ilha de Eten, na área de ancoragem da 4ª frota, quando foi atacado por bombardeiros de mergulho, mas segundo informações sobreviveu intacto. No dia 18, foi novamente atacado por aeronaves do USS Yorktown, USS Bunker Hill e do USS Essex, os TBF Avenger deste último, o atingiram a meia-nau com seis bomba de 500 libras. Cinco tripulantes morreram no ataque, as fotos da inteligência americana mostram a popa em chamas, primeira parte a afundar. Foi descoberto inicialmente por Jaques Cousteau em 1969 na posição latitude 7° 21’ 50.6” norte e longitude 151° 54’ 36.7” leste (datun WGS84), mas os mergulhos só se iniciaram em 1973.

Mergulho - Profundidade: de 46 a 63 metros

O naufrágio está apoiado sobre a quilha mantendo sua integridade mas adernado para bombordo.
Na plataforma da proa está o canhão. Caído no fundo, por fora do casco a bombordo um caminhão, o convés ainda está intacto, com as estivas, guinchos e o mastro, que atinge os 30 metros.
A área da ponte, alojamentos da tripulação contem muitos pratos, garrafas e copos.
No convés principal, logo a frente da superestrutura, existem 3 tanques leves japoneses (Type 95 Ha-Go), um grande caminhão e um rolo compressor sobre a estiva.
No porão 1 existem minas marítimas semi esféricas, recipientes com cordite, caixas de granadas de artilharia e bombas de aeronaves. Grande parte deste material foi trazido para Chuuk em antecipação ao esperado desembarque anfíbios por tropas dos EUA.
Os porões 1 e 2 estão ligados por passagens largas, pois a parede de separação já cedeu.
No porão 2 existem grandes caminhões e material de guerra, que inclui: tambores de combustível, seções de mangueiras, caixas de munição e granadas de artilharia, corpos de torpedo, bombas de aeronaves, cargas de profundidade, motores e conjuntos de rodas de aeronaves.
A sala de máquinas a bombordo apresenta um grande rombo provocado pela explosão de uma das caldeiras.
No porão 4 existem torpedos empilhados, alguns estão fora do lugar, há tanques de ar de alta pressão e muitas cargas de profundidade. Aqui as placas do casco estão separadas e rasgada.
Embora seja um mergulho profundo as condições de Chuuk são muito favoráveis, pois as correntes praticamente não existem e depois de se atingir alta profundidade o retorno pode ser feito em multi nível pelo casario e depois pelo mastro que atinge os 30 metros.
A descompressão necessária a esse tipo de mergulho pode ser realizada sobre o naufrágio.